「琉球獨立」思潮與「臺灣獨立」運動的有2項外觀上的共同點。第一，二者發生的地點接近：同樣出現在身處東海，且互為近鄰，在文化和歷史經歷上高度相似，長期密切互動的島嶼上；二者相對於東京和北京，都是處於國家的邊緣區域。第二，二者發生的時間近似：都是發生在第二次世界大戰以後，冷戰與後冷戰的國際政治氛圍之下。

但「琉球獨立」思潮與「臺灣獨立」運動卻有4項根本差異：

一、在同遭日本殖民之前，琉球是古王國；臺灣則（自有政治史以來，即）是中國王朝的直轄地方。

二、「琉球獨立」思潮源於琉球先住民中的知識分子；「臺灣獨立」運動則是由來自中國大陸福建省南部、廣東省東部漢人移民的後代之中的一部分菁英所主導。

對於琉球而言，日本是殖民母國，日本人是殖民者；對於臺灣而言，中國本係母國，除臺灣先住民外，構成臺灣人口主體的，是來自中國大陸福建省南部、廣東省東部漢人移民後裔，他們與在1945年以後來到臺灣的大陸其他省籍移民、海南島移民本是同族同胞。但來自福建省南部漢人移民的後代中的一部分人利用其地域群體在臺灣人口構成中的優勢，自命為「正港」（正宗）的臺灣人，降低乃至排除包括臺灣先住民各群體與其他地域漢人移民作為「臺灣人」的資格。

三、「琉球獨立」思潮在政治上追求脫離外來的日本統治，在文化上追求去殖民化；「臺灣獨立」運動則在政治上尋求脫離母國，在文化上追求「再殖民化」。「琉球獨立」思潮與「臺灣獨立」運動在面對中國與日本的情感與觀感上完全對立。

「琉球獨立」思潮的歷史源頭，來自19世紀後期面對日本吞併的威脅，琉球人對中國王朝所主導的東亞國際秩序的嚮往；演變到琉球知識分子對於美、日在政治、文化和經濟殖民的反省與厭棄。「臺灣獨立」運動則源自日本戰敗後，原本在殖民統治下享受特權和「近代化」的部分臺灣人之中的「皇民」，對於「落後」（且有意改變當時臺灣社會貧富結構）的母國的厭棄；演變到臺獨知識分子對於美國主導、日本協力的當代世界政治、文化和經濟殖民體系的擁抱，尤其是對於西方知識殖民體系的歸化。

四、包括「琉球獨立」思潮在內，日本與世界各國的政治、社會運動，尤其是學生運動，多數帶有左派民主主義色彩，訴求反資本主義、反帝國主義、同情第三世界的價值；臺灣的政治、社會運動，尤其是學生運動，基本上則是由右派乃至極右派主導的。儘管這類極右派時常假扮為左派，但卻完全不掩飾其對資本主義、美日帝國主義的傾慕，更大聲宣示其對以中國為代表的第三世界的鄙視和排斥。

「琉球獨立」思潮與「臺灣獨立」運動在外表上看似都在追求「獨立」，但在本質上卻完全不同。